Preliminares.

R nos permite crear un tipo especial de documentos, los documentos reproducibles, que queremos que conozcas porque pueden resultarte de gran ayuda en tu trabajo, en esta y en otras asignaturas.

Para motivar un poco el tema empezaremos por decir que gran parte del material de la asignatura (tutoriales, presentaciones de clase, cuestionarios, prácticas, etc.) está basado es este tipo de documentos. El propio documento que estás leyendo está basado en un documento reproducible.

Con poco esfuerzo puedes aprender a crear ficheros que después se convierten en publicaciones listas para la web, presentaciones para exponer tu trabajo o, como veremos, documentos en diversos formatos (por ejemplo pdf, doc).

Para entender que son esos documentos reproducibles es una buena idea empezar con algunos ejemplos sencillos, pero que te permitirán hacerte una idea de las posibilidades de la idea.

El primer paso, antes de poder trabajar con esos documentos, es instalar un poco de software adicional. Es importante que compruebes que estás conectado a Internet para poder continuar.

Abre RStudio. Copia el siguiente comando en la Consola de RStudio como se muestra en la figura y ejecútalo.

install.packages("rmarkdown", repos = "https://cran.rediris.es/", dependencies = TRUE)

Dependiendo de tu máquina y de la conexión el proceso será más o menos rápido. Aparecerán varios letreros en rojo en la Consola, pero no son necesariamente errores. A menudo simplemente indican que RStudio está descargando el software que necesita.

Si todo va bien, tu ordenador ya estará preparado para continuar. Si aparece algún mensaje evidente de error y el proceso de instalación se interrumpe o si más adelante las cosas no funcionan, pide ayuda a tus profesores.

Un ejemplo de documento reproducible.

Para facilitarte los primeros pasos hemos preparado un documento reproducible que puedes utilizar como plantilla para ir explorando este método. Lo puedes descargar desde este enlace:

Practica02-2017-18-DocuReproducibles-Intro.Rmd

Guarda el fichero en tu Carpeta de trabajo. ¡Recuerda usar el botón derecho del ratón! Se trata, como ves, de un fichero con extendión Rmd, para indicar que es un fichero en código RMarkdown. Ahora debes abrir ese fichero con RStudio. Puedes hacerlo con el botón derecho de RStudio o desde el propio programa a través del menú File | Open File … y navegando hasta tu carpeta de trabajo.

Al abrirlo debes ver algo como esto:

Antes de seguir adelante, una advertencia: hemos guardado ese fichero con el encoding ISO-8850-1 que es el que usn las máquinas Windows. Si usas un Mac o Linux puede que tengas que usar la opción Reopen with Encoding del menú File de RStudio para ver correctamente los acentos y otros caracteres de este documento.

Procesando el documento desde RStudio.

Vamos a utilizar ese documento para generar un fichero html que podrías publicar como página en la web. Para ello tienes que pulsar sobre el botón Knit que aparece en la parte superior del editor de RStudio y seleccionar la opción Knit to HTML:

RStudio procesará el fichero (aparecen varios mensajes en una nueva pestaña RMarkdown que se abre en el mismo panel que la Consola) y enseguida verás aparecer una nueva ventana con una previsualización del documento HTML que obtenemos como resultado. Algo como esto:

Además en tu carpeta de trabajo habrá aparecido un fichero con extensión html que contiene el resultado de procesar nuestro documento reproducible. Es un fichero que puedes abrir con un navegador de Internet (como Chrome, Firefox, Safari, etc.). Pero la previsualización que ofrece RStudio es suficiente para hacerse una idea.

Obteniendo un documento de Word.

Advertencia previa: Para que poder ver los ficheros que vamos a generar en esta sección debes tener instalado en tu ordenador un programa capaz de leer ficheros docx, como Word de Microsoft. Si en el Tutorial-00 instalaste OpenOffice (para usar Calc) también puedes usarlo para este tipo de ficheros y esa es, de hecho, la opción que recomendamos. En un Mac también dispones del programa pages que es, hasta cierto punto, compatible con esos ficheros.

En este apartado queremos, brevemente, señalar que se puede usar un proceso muy parecido para generar un fichero de tipo docx a partir de nuestro documento reproducible, sin necesidad de hacer ninguna modificación en ese fichero. Para conseguirlo basta con usar la opción Knit to Word del mismo menú que hemos usado en el caso del HTML. Tras utilziar ese botón, al cabo de unos segundos se abrirá el programa que nuestro ordenador utiliza por defecto para ficheros docx y verás el contenido del fichero que hemos generado, como en esta figura:

He visto que hay una opción para generar pdf. ¿Puedo usarla?

Sí y no. Puedes, pero primero es necesario instalar Software adicional (un compilador de LaTeX). No es complicado, pero tampoco queremos que instales software de más. Si crees que vas a necesitarlo habla con tus profesores. Y en cualquier caso recuerda que es bastante sencillo convertir documentos docx o HTML al formato pdf, así que ahí tienes otra opción para llegar hasta ese formato.

¿Y esto como funciona?

Ahora ya has visto los resultados, que esperamos te hayan parecido interesantes. Es el momento de empezar a experimentar por tu cuenta. Para eso, vuelve al editor de RStudio (cierra la previsualización HTML y el documento docx si te estorban) y empieza a examinar la estructura del fichero plantilla que hemos utilizado. Enseguida verás que es muy fácil modificar ese fichero para adaptarlo a tus necesidades. Y cada vez que quieras ver el resultado de esas modificaciones, basta con utilizar el botón Knit para ver el efecto que producen en el documento final. ¡Adelante! Si necesitas ayuda, consulta los enlaces que te hemos facilitado. Desde luego, estamos a vuestra disposición para atender preguntas sobre el uso de RMarkdown.